第二套住房的公积金贷款利率为基准利率的1.1倍。比如在北京有一套房产，购买二套住宅时，公积金贷款的利率为基准利率3.25%的1.1倍，即为3.575%。
从公积金贷款政策来看，如借款人第一套住房使用公积金，在尚未还清前是不可以再次申请公积金贷款购买第二套住房的；只有在还清前一套住房贷款的前提下才能再使用公积金贷款，同时不会被认为第二套房产，仍会视为首套住房按其政策操作，首付20%，利率为基准利率。
1、一次性还款法：
从住房公积金帐户提取公积金余额，一次性归还贷款。很多人退休后，采用这一方法还贷。还贷后，若还有贷款未还清，就对剩余贷款本金和还款期限重新计算，确定以后每个月的月还款金额。
2、停止还贷若干月法：
从公积金帐户中提取余额，提前归还贷款。提前还贷后，贷款人可以停止还贷若干月。停止还贷的时间长短，根据提前归还贷款的数额决定，不过不能超过12个月。停止还贷期结束后，贷款人须继续按月还款。停还期的欠息，不收罚息，不计复利，在停还期结束后的每月还款中逐月扣还。有些购房者在某一阶段收入情况出现变化(如生病、生育、失业等)，多采用这一方式还贷。
3、逐月还款法：
每月直接从公积金帐户提取公积金还贷。提取的住房公积金金额不足时，贷款人要及时补足还款金额。
4、等额本息法：
每月还款额相等，每月偿还本金额先少后多、偿还利息额先多后少，适用于还贷前期资金紧张的借款者。
5、等额本金法：
又名利随本清法。每月还款额中的偿还本金额相等，偿还利息额随着本金的减少而减少，月还款额逐月递减，适用于还贷前期资金不太紧张的借款者。
