1、无法取得房产证和转卖：
小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。 “小产权房”拿不到正式的房产证，因此并不构成真正法律意义上的产权。也就是说：小产权房只有使用权，没有所有权。
这也是意味着购房者并没有房屋产权，法律也不会保护购房者的权益。因此小产权房也就是无法合理上市。
2、拆迁难获赔偿：
因为目前的法律法规不允许在集体土地上进行房地产开发，不允许集体土地上建设的房屋向本集体经济组织以外成员销售;
所以一旦国家决定对该集体土地予以征用或对集体经济组织成员予以拆迁，小产权房购买者可能因其并非合格的购房者而被排斥在补偿范围之外，无法享受有关补偿或优惠条件，小产权人的权益无法保护。
购房人并非合法的产权人，所以无法得到对产权进行的拆迁补偿， 购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
3、无法进行银行贷款和抵押贷款：
因为小产权房没有不动产权证的，因此银行是不给予贷款的。
因此若需要购买小产权房，则是需要一次性交清房款的。不仅仅说是买房不能贷款，即便买完房，也不可拿房子做抵押到银行进行贷款。
4、监管缺位：
乡产权房屋的开发建设没有明确的规定加以约束，开发建设的监管存在缺位，对购房者的利益有一定的影响。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。
