1、概念不同：小产权房指的是在农村集体土地上建设的房屋，没有缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡或村颁发，所以也称之为乡产权房。大产权即完全产权，包括房产使用权证与国有土地使用权。大产权的房屋在进入二级市场时，无需缴纳土地出让金和收益收成。
2、房屋类别不同：由国家发产权证的房屋即为大产权房，不是由国家发产权证的房屋即为小产权房。我们所购买的普通商品房都属于大产权房，其中包括70年产权、50年产权、40年产权三种。一般小产权房分为这三类：一是在集体建设用地上建成的，即宅基地上建成的房子，只属于该农村的集体所有者，外村农民不能购买;二是在集体企业用地或者占用耕地违建设的房子;三是各类农业园或养老院的别墅。
1、缺少“五证”：“五证”即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。如果没有“五证”是不能办理房产证的。没有产权，不受法律的保护。
2、拆迁难补偿：除了不能办理房产证外，那些“便宜房”实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
3、质量难保证：房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。这类房屋一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
4、不能抵押转卖：小产权房不能抵押或者上市转卖。由于没有正规的产权证，小产权房不能作为抵押或上市专卖。
5、不能抵押贷款：小产权房不能在房地产管理部门登记备案，所以不可以办理抵押等他项权利，没有他项权利就相当于没有合法的质押物抵押到银行，银行贷款就无法批复。
