1、按核算项目先整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按建筑面积分别核算增值额，计算土地增值税。
扣除项目=土地成本+房屋开发成本+费用扣除10%+加计扣除20%+税金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(万元)。
增值额=收入-扣除项目=(500+500)-991=9(万元)。
增值率=增值额÷扣除项目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，适用30%的税率。
由于增值率未超过20%，因此5000平方米普通标准住宅免土地增值税。
商铺应纳的土地增值税=9×1000÷6000×30%=0.45(万元)。
2、先按面积分开项目计算增值额与增值率，再分别确定适用税率计算增值税。
普通标准住宅扣除项目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(万元)(除税金及附加外其他按面积分摊)。
普通标准住宅增值额=500-807.5=-307.5(万元)，无增值额。
商铺扣除项目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(万元);
商铺增值额=500-183.5=316.5(万元);
商铺增值率=316.5÷183.5×100%=172%，适用50%的税率。
商铺应纳土地增值税=316.5×50%-183.5×15%=130.725(万元)。
1、商铺土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和本条例第七条规定的税率计算征收。增值税税额＝增值额×增值税税率―扣除项目金额×扣除系数。
2、增值额：纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额。增值额＝销售收入―扣除项目金额。
3、销售收入：纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。
4、扣除项目金额：扣除项目金额＝土地款＋开发成本＋开发费用＋税金＋其他扣除项目。
5、增值税税率：土地增值税税率采用四级超率累进税率，具体税率为30％、40％、50％、60％四个档次。具体应适用哪一级税率应根据增值率大小确定。增值率＝增值额÷扣除项目金额×100％。
